Una función básica de la filosofía es hacer notorias las asunciones implícitas detrás de nuestro pensamiento. La nueva ciencia de la complejidad implica un giro a muchas ideas que los científicos occidentales habían asumido y que provienen de un método científico tradicional heredado de Newton.

Hasta el inicio del siglo XX, el mecanismo clásico (formulado primero por Newton y desarrollado por Laplace) ha sido considerado como el fundamento de la ciencia. Muchas ciencias como la biología, la psicología y la economía han adoptado plenamente esta metodología científica, hasta tal punto que mucha gente hoy aún identifica "pensamiento científico" con "pensamiento newtoniano". Y es que la ciencia newtoniana presenta muchas ventajas. Es simple, coherente y da una visión del mundo aparentemente compleja. Además, ha tenido mucho éxito en sus aplicaciones. 

La lógica que hay detrás de la ciencia newtoniana es la que definimos con el nombre de reduccionismo o análisis. Ésta lógica dice que para entender cualquier fenómeno simplemente hace falta descomponerlo en partes más pequeñas. Si estas partes no son suficientemente pequeñas, se tiene que volver a repetir el proceso para conseguir elementos aún más pequeños. 

Ahora vamos a introducir la filosofía newtoniana de una manera más sistemática y profunda.
La ontología newtoniana es materialista: asume que todos los fenómenos, ya sean físicos, biológicos, mentales o sociales son materia. Las diferentes sustancias y fenómenos del mundo no son más que diferentes disposiciones en el espacio de las mismas materias primeras. Con una excepción, la mente humana.

La epistemología newtoniana está fundamentada en la idea que nuestro conocimiento es un reflejo imperfecto del mundo exterior (o, lo que es lo mismo, de la materia dispuesta de una manera concreta fuera de nosotros). Por lo tanto, el objetivo de la ciencia es ir haciendo cada vez más cercanos los conceptos mentales a los elementos externos, hasta que algún día podamos tener una representación mental objetiva del mundo, gracias a la observación.

Esto puede resumirse con el principio de causalidad. Este principio nos dice que "una misma causa c tendrá siempre un mismo efecto e" y viceversa.
El principio de causalidad implica que la filosofía newtoniana es determinista: todo cambio (causa → efecto) puede ser representado como una trayectoria del sistema a través del tiempo, es decir, como una secuencia lineal de estados, que sigue unas leyes naturales bien fijadas. Estas leyes determinan completamente la trayectoria hacia el futuro (predictividad) y hacia el pasado (reversibilidad).

Esta visión nos lleva a ver el mundo como un conjunto de trayectorias de causas y efectos, en que dos trayectorias no pueden cruzarse nunca. De ahí el nombre del principio de "conservación de distinción", que quiere decir que una trayectoria de causas y efectos mantiene siempre su distinción en relación a (es diferente a) otra trayectoria, ya que, de lo contrario, se contradiría el principio que dice que dos causas diferentes dan lugar a efectos diferentes y viceversa.

La manera de hacer ciencia heredada de Newton, pero, presenta distintos problemas. Por ejemplo, no es capaz de explicar la gran mayoría de cosas que nos rodean. La ciencia clásica ha evitado los fenómenos complejos, o los ha simplificado, dando lugar a explicaciones poco realistas.

La nueva visión compleja del mundo rompe con gran parte de estos principios, así como introduce algunos de nuevos. Veámoslo punto por punto.

Hemos dicho que la ontología newtoniana postula que todo lo que existe son objetos materiales (materialismo) que responden a leyes naturales deterministas. No obstante, parece ser que lo que hace que percibamos las cosas (o sistemas15) como tales es su estructura16, más que el material de que están hechos.

Por otro lado, puesto que no existe el conocimiento objetivo e independiente del observador, el conocimiento del mundo es indeterminado. A lo que determinismo se refiere, se nos presenta un problema cuando queremos incluir la mente humana dentro de la visión conjunta del mundo, ya que nuestra noción intuitiva de libre albedrío no es compatible con el principio de determinismo. Esta contradicción fue resuelta por los clásicos postulando el dualismo. Por eso también presenta una contradicción: no podemos imaginar como puede una mente actuar libremente sobre el mundo determinista sin afectarlo.
Es por esta razón que la ciencia ha ignorado muchos aspectos de la realidad o se las ha arreglado para evitar el problema postulando, por ejemplo, el principio de la opción razonable en economía, que asume que un agente siempre acogerá la opción más útil. Por distintas razones que intuimos obvias, como la falta de información sobre cuál es la opción más útil, eso es poco realista.